Lidhja Shqiptare e Pejës është një organizatë politike-ushtarake mbarëshqiptare, që ndoqi rrugën e Lidhjes Shqiptare të Prizrenit dhe luftoi për çlirimin e vendit nga pushtimi osman.
Ajo u themelua në Kuvendin Kombëtar të Pejës, më 23-29 janar 1899, ku morën pjesë mbi 450 vetë, të ardhur nga vise të ndryshme të Shqipërisë, kryesisht nga qendrat e vilajetit të Kosovës.
Organizata u quajt Lidhja Shqiptare e Pejës ose “Besa Besë”. Në krye të Komitetit drejtues u vu Haxhi Zeka.
Kuvendi miratoi rezolutën prej 11 pikash dhe “Aktin e Besës” prej 12 pikash, që u shpallën më 29 janar. Po atë ditë u shpall thirrja “Rruga e shpëtimit është në Besa-Besën”, botuar në Bukuresht nga një grup atdhetarësh, që u përgjigjej synimeve të Lidhjes së Pejës.
Në Kuvendin e Pejës u parashtrua kërkesa për bashkimin e katër vilajeteve shqiptare dhe vendosjes së një statusi apo kushtetute të veçantë për administrimin e tyre, zbatimi i së cilës do të çonte në formimin e një province të vetme territoriale administrative të qeverisur nga shqiptarët.
Lidhja Shqiptare e Pejës pati përkrahjen e atdhetarëve rilindës brenda dhe jashtë atdheut, që u shpreh në veprën e Sami Frashërit “Shqipëria ç’ka qënë, ç’është e ç’do të bëhetë?”, botuar në mars 1899, si dhe në thirrjen “Të zgjohemi” të Dervish Himës.
Ajo e shtriu autoritetin e vet në gjithë vilajetin e Kosovës, që ishte vatra e saj kryesore dhe më pas në atë të Shkodrës, të Manastirit e të Janinës.
Vendimet e Lidhjes u miratuan në mbledhje të gjera popullore, që u organizuan në krahina të ndryshme të vendit, ndër të cilat më të rëndësishmet ishin ato të Sanxhakut të Prizrenit, të vilajetit të Shkodrës, të Dibrës, Ohrit, Elbasanit etj., ku u formuan komitetet lokale të Lidhjes.
Projektet e atdhetarëve shqiptarë për të thirrur një kuvend të ri, të përgjithshëm shqiptar në maj-qershor, 1899, që do ta konsolidonte përfundimisht Lidhjen, hasën në kundërshtimin e vendosur të Portës së Lartë.
Në vjeshtën e vitit 1899, krahu radikal i lëvizjes së udhëhequr nga Lidhja e Pejës kaloi në organizimin e qëndresës së armatosur kundër perandorisë osmane.
Porta e Lartë, në pranverën e vitit 1900, ndërmori masa të forta ushtarake dhe hodhi kundër Lidhjes Shqiptare të Pejës ushtri të shumta, që çuan në shtypjen e saj.
